TB-SMART? 助力結(jié)核病精準(zhǔn)防控

全基因組測序技術(shù)已經(jīng)廣泛應(yīng)用于結(jié)核分枝桿菌的研究中，包括譜系鑒定、微進(jìn)化、耐藥預(yù)測、傳播監(jiān)測、混合感染診斷等多方面。生物信息學(xué)在基因組學(xué)研究中貫穿了從數(shù)據(jù)處理、分析到可視化的各個階段，對全基因組測序技術(shù)的應(yīng)用起到了至關(guān)重要的作用。生物信息學(xué)分析軟件和平臺的開發(fā)為同領(lǐng)域研究者更方便、更靈活地開展數(shù)據(jù)分析和快速選擇研究分析工具提供參考。

我們在已有的結(jié)核分枝桿菌全基因組數(shù)據(jù)分析平臺的基礎(chǔ)上，整合了國家結(jié)核病管理信息系統(tǒng)導(dǎo)出的患者流行病學(xué)信息，開發(fā)了行業(yè)首個結(jié)核病耐藥和傳播監(jiān)測平臺。該平臺為結(jié)核病預(yù)防和控制機(jī)構(gòu)及時準(zhǔn)確了解當(dāng)?shù)亟Y(jié)核病耐藥和傳播情況，監(jiān)測和預(yù)警結(jié)核病在人群中的傳播，為實(shí)現(xiàn)結(jié)核病的精準(zhǔn)防控提供了強(qiáng)有力的技術(shù)支撐。

 

平臺功能展示

分析系統(tǒng)主頁

1. 患者和菌株數(shù)據(jù)庫

通過統(tǒng)一的患者和菌株信息管理，可查看每例患者的信息（總計、月度分析、年度分析等）和全基因組測序分析結(jié)果。

 

2. 全基因組數(shù)據(jù)分析

提供耐藥預(yù)測、數(shù)據(jù)統(tǒng)計、數(shù)據(jù)質(zhì)控、變異信息、耐藥突變和分析報告。

總覽表

耐藥預(yù)測：預(yù)測17種常見結(jié)核藥物包含4種一線藥物的耐藥性和敏感性。

 

數(shù)據(jù)統(tǒng)計：堿基比例分布、測序質(zhì)量分布、測序深度分布、變異檢測統(tǒng)計、堿基替換類型分布、 Indel 長度分布、插入片段長度分布。

 

3. 結(jié)核菌耐藥監(jiān)測

分析結(jié)核菌耐藥類型，對進(jìn)其行時間、空間、人群統(tǒng)計和可視化。

結(jié)核耐藥監(jiān)測分布地圖

 

不同時間統(tǒng)計展示：可按年、月、周統(tǒng)計

 

人群分布統(tǒng)計展示：可按人群性別、年齡、民族等統(tǒng)計

 

 

4. 結(jié)核病傳播監(jiān)測分析

快速判定患者是否由近期傳播導(dǎo)致發(fā)病并識別與其具有傳播關(guān)系的患者，同時展示這些患者的空間分布特征；統(tǒng)計不同人群的近期傳播率，識別近期傳播的高危人群。

分析結(jié)核菌菌株親緣關(guān)系及可視化

成簇表示樣本可以聚類在一起，提示樣本間存在傳播關(guān)系。一個點(diǎn)理論上代表一個樣本，但多個樣本地理坐標(biāo)重疊的情況下會存在一個點(diǎn)對于多個樣本。

人群分析柱狀圖

可按性別、年齡、登記分類、職業(yè)、戶籍地址、耐藥類型、標(biāo)簽、分型民族、 涂片結(jié)果、合并癥統(tǒng)計。統(tǒng)計不同人群的近期傳播率，識別近期傳播的高危人群。

 

5. 用戶分級管理保證數(shù)據(jù)安全

保證數(shù)據(jù)安全：可本地部署，用戶分級管理。

 

6. 關(guān)于軟件測評

分析系統(tǒng)安裝完成后主要需要測試的功能點(diǎn)：

1、準(zhǔn)備內(nèi)部已經(jīng)分析過的樣本
2、樣本信息管理（創(chuàng)建單個樣本，編輯單個樣本，批量導(dǎo)入和刪除）
3、上傳數(shù)據(jù)（測試手動上傳數(shù)據(jù)，自動上傳需要部署后才能測試）
4、數(shù)據(jù)分析（啟動單個分析和批量啟動分析）
5、分析結(jié)果查看（選擇一個樣本對比內(nèi)部系統(tǒng)的所有結(jié)果是否一致，報告是否正常生成和下載）
6、系統(tǒng)管理（增刪編輯用戶，權(quán)限管理）
7、恢復(fù)系統(tǒng)（刪除添加的樣本，數(shù)據(jù)和用戶）

 

電話：13392273325（微信）

Q Q：2775427010